Prienų krašto muziejus dalyvavo muziejų modernizavimo programoje, kurios tikslas – ugdyti visuomenės istorinę savimonę, kokybiškai atnaujinus muziejų veiklą ir sudarius jiems sąlygas tinkamai kaupti, saugoti ir populiarinti istorijos, literatūros, kultūros, meno, gamtos, mokslo ir technikos paveldo objektus, kad visuomenė galėtų įvairiapusiškiau pažinti kultūros paveldą ir ugdyti savo narių kūrybiškumą.
Prienų rajono savivaldybė įgyvendino ES struktūrinės paramos investicijomis finansuojamą projektą „Prienų krašto muziejaus modernizavimas“. Įgyvendinus projektą modernizuotas Prienų krašto muziejus, pagerėjo kultūros paslaugų teikimas, padidėjo lankytojų srautai. Modernizuojant muziejų siekta sukurti pagrindinei veiklai būtiną infrastruktūrą. Įrengtos šešios inovatyvias ekspozicijas: Kunigo Zdebskio, Miesto istorijos, „Literatūriniai Prienai“, Krašto šviesuolių, „Sklandytuvų istorija“, „Partizanų Lukšų šeimos istorija“, ir muziejininko kabinetą. Muziejaus bendrosios patalpos (holas, rūbinė, koridorius, laiptai) dekoruotos įvairiais ekspoziciniais elementais. Lauke prie pastato įrengtas informacinis lauko ekranas. Įgyvendinus projektą muziejaus vidaus patalpose užbaigti didžiosios dalies ekspozicijų įrengimo darbai ir objektas tinkamai funkcionuoja. Sukurta infrastruktūra padėjo užtikrinti gerą kultūros paslaugų prieinamumą, teikiamų paslaugų kokybę ir interaktyvumą. Tai paskatino papildomus lankytojų srautus.
Tarp Prienų rajono savivaldybės administracijos ir UAB „Terra media“ 2018 m. vasario 23 d. pasirašyta Prienų krašto muziejaus ekspozicijoms įrengti reikalingos įrangos, baldų, stendų ir dekoro elementų įsigijimo sutartis, pagal kurią buvo atlikti muziejaus modernizavimo darbai. Projektas įgyvendinamas pagal 2014–2020 m. veiksmų programos 7 prioritetą „Kokybiško užimtumo ir dalyvavimo darbo rinkoje skatinimas“, finansuotas iš Europos regioninės plėtros fondo. ES fondo lėšos sudarė 72 777 Eur, Savivaldybės biudžeto lėšos –12 843 Eur.