Prienų krašto muziejus dalyvauja muziejų modernizavimo programoje, kurios tikslas – ugdyti visuomenės istorinę savimonę, kokybiškai atnaujinus muziejų veiklą ir sudarius jiems sąlygas tinkamai kaupti, saugoti ir populiarinti istorijos, literatūros, kultūros, meno, gamtos, mokslo ir technikos paveldo objektus, kad visuomenė galėtų įvairiapusiškiau pažinti kultūros paveldą ir ugdyti savo narių kūrybiškumą.   Prienų rajono savivaldybė įgyvendina ES struktūrinės paramos investicijomis finansuojamą projektą „Prienų krašto muziejaus modernizavimas“. Įgyvendinus projektą bus modernizuotas Prienų krašto muziejus, pagerės kultūros paslaugų teikimas, tikėtinas lankytojų srautų padidėjimas. Modernizuojant muziejų siekiama užtikrinti pagrindinei veiklai būtiną infrastruktūrą. Planuojama įrengti šešias inovatyvias ekspozicijas: Kunigo Zdebskio, Miesto istorijos, „Literatūriniai Prienai“, Krašto šviesuolių, „Sklandytuvų istorija“, „Partizanų Lukšų šeimos istorija“, ir muziejininko kabinetą. Muziejaus bendrosios patalpos (holas, rūbinė, koridorius, laiptai) bus dekoruotos įvairiais ekspoziciniais elementais. Lauke prie pastato bus įrengtas informacinis lauko ekranas. Įgyvendinus projektą muziejaus vidaus patalpose bus užbaigti didžiosios dalies ekspozicijų įrengimo darbai ir objektas pradės tinkamai funkcionuoti. Sukurta infrastruktūra padės užtikrinti gerą kultūros paslaugų prieinamumą, teikiamų paslaugų kokybę ir interaktyvumą. Neabejojama, kad tai paskatins papildomus lankytojų srautus.   Tarp Prienų rajono savivaldybės  administracijos ir UAB „Terra media“ 2018 m. vasario 23 d. pasirašyta Prienų krašto muziejaus ekspozicijoms įrengti reikalingos įrangos, baldų, stendų ir dekoro elementų įsigijimo sutartis, pradėti  muziejaus modernizavimo darbai.  Projektas įgyvendinamas pagal  2014–2020 m. veiksmų programos 7 prioritetą „Kokybiško užimtumo ir dalyvavimo darbo rinkoje skatinimas“, finansuojamas iš Europos  regioninės plėtros fondo. ES fondo lėšos sudaro 72 777 Eur, Savivaldybės biudžeto lėšos –12 843 Eur.Prienų r. savivaldybės administracijos informacija